Es gibt verschiedene Proteinquellen, die sich zum Teil sehr in ihrer Qualität unterscheiden. Die Qualität wird durch das Vorkommen der unterschiedlichen Aminosäuren und die Verdaulichkeit des Proteins bestimmt. Die Qualität eines Proteins wird mit der Biologischen Wertigkeit angegeben. Als Referenzeiweiß zur Bestimmung der Biologische Wertigkeit (BW) wird das Vollei verwendet, das einen Wert von 100 hat. Es gibt fünf verschiedene Proteinarten, die für den Muskelaufbau von Bedeutung sind. Andere Proteinarten wie das in Gummibärchen enthaltene Gelatine (biologische Wertigkeit 0) sind minderwertig und daher uninteressant.

Die 5 wichtigen Proteinarten sind:
 

1. Casein (Milcheiweiß): Casein hat eine BW von 77, was nicht gerade viel ist. Es ist aufgrund eines hohen Gehaltes der muskelaufbauenden Aminosäure L-Glutamin dennoch für Bodybuilder geeignet. Außerdem wird Casein im Magen nur sehr langsam resorbiert, weshalb es gerade vor dem Schlafengehen das ideale Protein ist, um seine Muskeln über Nacht kontinuierlich mit Protein zu versorgen.
2. Wheyprotein (Molkeprotein, Lactalbumin): Wheyprotein ist mit einer BW von 104 sehr hochwertig und gilt als bestes Einzelprotein. Es wird vom Körper sehr schnell resorbiert, wodurch es für den Gebrauch direkt nach dem Training ideal ist. In dieser Zeit kann der Körper besonders effizient Protein verwerten, und mit Wheyprotein wird dieses schnell geliefert. Wheyprotein enthält auch eine hohe Anzahl an BCAA's (verzweigkettige Aminosäuren), die ein Drittel des Gesamtmuskelproteins ausmachen.
    
3. Milchprotein Isolat Milchprotein Isolat ist eine Kombination aus Casein (80%) und Whey Protein (20%). Dadurch vereint es die positiven Eigenschaften beider Proteinarten. Es ist somit für alle Tageszeiten und Trainingsstufen gleichermaßen geeignet.
4. Eiprotein (Eialbumin): Eiprotein besitzt eine BW von 88 - ist also recht hochwertig. Im Gegensatz zu Milchprotein bewirkt es keine Wassereinspeicherung unter der Haut. Bodybuildern nehmen dies daher gerne in der Wettkampfvorbereitung.
5. Sojaprotein Sojaprotein hat eine BW von 80 und einen hohen Gehalt an L-Glutamin. Es ist das ideale Protein für Sportler, die bei Proteinarten tierischer Herkunft Magenprobleme bekommen. Es wird unter anderem für die Herstellung von Babynahrung verwendet. Die Gerüchte, dass Sojaprotein zu einer erhöhten Östrogenproduktion bei Männer führt und damit eine Gynäkomastie, ein hormonell bedingtes Brustwachstum bei Männern, begünstigen kann, wurden wissenschaftlich nicht bestätigt.